FHIR server template

Ce Template s'agit du modèle de base pour utiliser InterSystems IRIS for Health Community Edition en tant que serveur FHIR.

Il configure un SERVEUR FHIR, importe les données de test, fait la démonstration de l'utilisation de l'API REST avec une simple page web.

Conditions préalables

Assurez-vous que vous avez installé git et Docker desktop.

Installation

IPM

Ouvrez l'installation d'IRIS for Health avec le client IPM installé. Appel dans n'importe quel espace de nom :

USER>zpm "install fhir-server"

Ainsi, le serveur FHIR sera installé dans l'espace de noms FHIRSERVER.

Ou encore, pour une installation programmée, on peut appeler ce qui suit :

set sc=$zpm("install fhir-server")

Docker (par exemple à des fins de dév)

Clone/git extrait le référentiel dans n'importe quel répertoire local.

$ git clone https://github.com/intersystems-community/iris-fhir-template.git

Ouvrez le terminal dans ce répertoire et lancez:

$ docker-compose up -d

Données sur le patient

Le modèle est livré avec 5 brevets préchargés dans le dossier /data/fhir qui sont téléchargés pendant la construction de docker (docker build). Vous pouvez générer plus de patients en procédant comme suit. Ouvrez un terminal shel dans le dossier du référentiel et appelez :

#./synthea-loader.sh 10

ainsi, 10 patients supplémentaires seront créés dans le dossier data/fhir. Ensuite, ouvrez le terminal IRIS dans l'espace de noms FHIRSERVER avec la commande suivante :

docker-compose exec iris iris session iris -U FHIRServer

et appeler la méthode de chargement :

FHIRSERVER>d ##class(fhirtemplate.Setup).LoadPatientData("/irisdev/app/output/fhir","FHIRSERVER","/fhir/r4")

en utilisant le projet suivant

Test de l'API FHIR R4

En ouvrant l'URL http://localhost:32783/fhir/r4/metadata vous devriez voir la sortie des ressources fhir sur ce serveur

Test des appels Postman

Appel GET des métadonnées des ressources fhir pour http://localhost:32783/fhir/r4/metadata 

Ouvrez Postman et effectuez un appel GET pour le patient préchargé : http://localhost:32783/fhir/r4/Patient/1 

Test des appels de l'API FHIR dans une application de l'interface simple

l'application de l'interface très basique avec des appels de recherche et d'obtention aux ressources FHIR Patient et Observation peut être trouvée ici : http://localhost:32783/fhirUI/FHIRAppDemo.html ou à partir du menu VSCode ObjectScript : 

En ouvrant la page, les résultats de la recherche de patientes anémiques s'affichent ainsi que les graphiques des valeurs d'hémoglobine d'une patiente sélectionnée : 

Ressources de Développement

InterSystems IRIS FHIR Documentation FHIR API Developer Community FHIR section

Comment lancer le développement

Ce référentiel est prêt à être codé dans VSCode avec le plugin ObjectScript. Installez VSCode, Docker et le plugin ObjectScript et ouvrez le dossier dans VSCode. Ouvrez la classe /src/cls/PackageSample/ObjectScript.cls et essayez d'y apporter des modifications - elle sera compilée dans le conteneur docker IRIS en cours d'exécution. 

N'hésitez pas à supprimer le dossier PackageSample et à placer vos classes ObjectScript dans un formulaire /src/Package/Classname.cls En savoir plus sur la configuration des dossiers pour InterSystems ObjectScript

Le script dans Installer.cls importera tout ce que vous placez sous /src dans IRIS.

Contenu du référentiel

Dockerfile

Le dockerfile le plus simple qui lance IRIS et importe Installer.cls, et qui exécute ensuite la méthode Installer.setup, laquelle crée l'espace de nom IRISAPP et y importe le code ObjectScript du dossier /src. Utilisez le fichier docker-compose.yml correspondant pour configurer facilement des paramètres supplémentaires tels que le numéro de port et l'emplacement des clés et des dossiers d'hôte. Utilisez le fichier .env/ pour ajuster le dockerfile utilisé dans docker-compose.

.vscode/settings.json

Fichier de configuration pour vous permettre de coder immédiatement en VSCode avec le plugin VSCode ObjectScript.

.vscode/launch.json

Fichier de configuration si vous voulez déboguer avec VSCode ObjectScript

Dépannage

ERROR #5001: Error -28 Creating Directory /usr/irissys/mgr/FHIRSERVER/ Si vous voyez cette erreur pendant la création de dossiers, cela signifie probablement que vous avez manqué d'espace dans docker. vous pouvez le nettoyer avec la commande suivante :

docker system prune -f

Et ensuite commencer à reconstruire l'image sans utiliser le cache :

docker-compose build --no-cache

et lancez le conteneur avec:

docker-compose up -d

Cette commande et d'autres commandes utiles peuvent être trouvées dans dev.md